哥白尼於1543年臨終時才出版主張日心說的名著《天體運行論》，惟其觀點早已於學界傳開，羅馬教廷對此也並非懵懂——1533年即有學者向教皇講解哥氏的理論。實際上，哥氏本身也是天主教教士，而鼓勵或催促他出書的同儕也包括主教和樞機主教。哥氏死後，教會大學也一度不避忌在天文學課中使用該書，這顯示教界中人也並非全屬決然抗拒日心說者。

首先跳出來譴責哥氏離經叛道的，其實是新教領袖馬丁路德和卡爾文等。不過《天體運行論》的出版亦有新教徒的參與，包括哥氏學生列提克和出版者奧塞安德爾。惟在未告知作者之下，奧塞安德爾為了降低風險，私下補充了一篇旨在「救火」的佚名序言，宣稱日心說只是個「方便演算的方法」，建議人們毋須把其太當真——如此「權宜之詞」，或真的確保了該書的順利印行。

哥氏死後的第5年，布魯諾（Giordano Bruno）出世。布氏曾是那不勒斯多明我會（Dominican）修士，但頗受古典哲學，包括新柏拉圖主義的影響，屬少見的特立獨行者。他主張思想和言論自由，除了質疑主流神學，也敢於頂撞權威，以至經常得罪當權者。布氏並非嚴格意義上的科學家，但和當時不少的學者一樣認同日心說，甚至提出「無窮宇宙」的前衛概念。他認為《聖經》的經義應著重在道德教化，而非天文學，顯然意指宗教不該干涉科學。

布氏的時代也是新舊兩教之間的矛盾和競爭逐步白熱化的時代。新教一向狠批教廷對偏世俗的古典知識和風氣太過縱容（文藝復興時代的教廷非常開明，甚至「流俗」），而教廷對此也開始有所「自省」和「自律」，包括於1542年設立羅馬裁判所以整治異端和敗德問題。於是，原本尚可通融的日心說開始被檢討，教廷越來越意識到其對主流神學的衝擊，包括顛覆根深蒂固的人類中心論和「天上聖界—地上俗界」截然兩分的觀念。

无论如何，若说布鲁诺因支持日心说而被裁判所迫害也未必正確。据不少研究者，他其实更因本身的自由思想和非正统神学，加上因违纪（乃至或被人诬告瀆神——如质疑「三位一体」和耶穌之神性）而冒犯了教廷，结果於1600年在罗马的百花广场上被活活烧死。简言之，与其列布氏为早期宗教迫害科学的人证，不如封之为自由主义的殉道者。实际上，直到1616年，教廷才正式宣判哥白尼的日心说为「谬论」。