战争初期，日军认为温州总堂是法国财产没有侵犯，经常有数百人在敌机来时到总堂避空袭。
    1941年后，天主教罗马教宗比约第十二世发表声明谴责日本侵略行为后，日本对天主教在中国境内财产开始轰炸破坏，对教堂也不例外。
    温州总堂于1942年两度受日机轰炸，被炸神父楼一幢，老神父吴庆华伤了右臂。接着仁慈堂、增爵小学、平阳西坑天主堂、钱库天主堂等都遭日机轰炸。